يقوم القسم بالمهام التالية:
•توفير وتأمين المخطوطات للباحثين والمراكز العلمية والتي تحتاج إلى تلك المخطوطات حيث تفهرس المخطوطات وتدخل العناوين في نظام المكتبة ليتمكن الباحث من الوصول إليها.
•خدمة الباحثين والمراكز العلمية من داخل المملكة وخارجها وتأمين نسخ المخطوطات لهم وطلبها من المراكز العلمية الأخرى.
•صيانة وحفظ المخطوطات من جميع المسببات الضارة لها ، حيث أن المخطوطات مواد حساسة وتتأثر بجميع الظروف الجوية والمناخية الغير قياسية من ناحية الرطوبة والبرودة والحرارة .
•ا لإعداد الفني للمخطوطة (أصلية أو مصورة ) وذلك من خلال تسجيل فهرسة مختصرة إلى متوسطة (ترتب حسب ترتيب المخطوطات على الأرفف وبإستخدام الترقيم حسابياً حسب الورود) وفهرسة مختصرة جداً لتسهيل عملية الإ سترجاع بالعنوان ، المؤلف والموضوع ).
•وضع شعار الجامعة على المخطوطات الأصلية والمصورة بشكل رقمي بهدف توثيقها.
•إعداد بطاقات معلومات للمخطوطات الجديدة و تنزيلها على نظام المكتبة ليتسنى للباحثين الاستفادة من هذه الخدمة.
•الإعداد الفني لمكتبة القسم وخدمة الباحثين المحتاجين إليها وإعادة الكتب إلى الرفوف. وهذه المكتبة هي مكتبة مرجعية تضم بالإضافة إلى فهارس المخطوطات، مجموعة من المراجع منها التراجم والببليوجرافيات وكشافات ومعاجم وموسوعات ، بالإضافة إلى مجموعة من الكتب المتخصصة في علم المخطوطات من المصادر الأساسية في العلوم الإسلامية والعربية وغيرها.
•استقبال المخطوطات المعروضة للبيع بعد تعميد سعادة العميد و اعدادها للعرض على لجنة المخطوطات للتقييم.
•المشاركة في المعارض المحلية والعالمية: و يتم اختيار المخطوطات للمشاركة في المناسبات الخاصة التى تقام سواء في داخل الجامعة أو خارجها وعلى مستوى المملكة. و يقوم فريق العمل بتجهيز المعرض من حيث اختيار تصميم طريقة العرض و مسار الزيارة و تحديد الهدايا و المطبوعات التى تتناسب مع موضوع المعرض.
•الجوانب البحثية: يقوم القسم بصفة مستمرة في البحث في موضوعات المخطوطات المقتناة ، حيث يقوم بفهرسة موضوعاتها و تحديد أهمية موضوعاتها و ندرتها ، وتحديد المهم منها و أسباب الندرة ، و كذلك محاولة تحديد هوية المخطوطات مجهولة العنوان أو مجهولة المؤلف وغير ذلك.
•إعداد قوائم خاصة بالمجموعات و يتضمن ذلك قائمة المصاحف الشريفة وقائمة المجاميع وقائمة المخطوطات النجدية وخلافه.
•الجانب التعليمي والتثقيفي: يقوم القسم باستقبال المستفيدين وضيوف الجامعة الذين يزورون القسم من الأساتذة و الطلاب من داخل الجامعة و خارجها للتعريف بالقسم ومهامه و مقتنياته.
معمل علاج و ترميم المخطوطات:
زودت الجامعة قسم المخطوطات بمعمل لعلاج و صيانة و ترميم المخطوطات و يقوم بعدد من المهام التي من شأنها الحفاظ على مقتنيات القسم من المخطوطات و الوثائق و الكتب النادرة وتوفير بيئة جيدة تناسب المخطوطات وصيانتها وترميمها وحفظها.
قاعة تخزين وعرض المخطوطات: وهي قاعة خاصة مجهزة لتخزين وحفظ المخطوطات. وتحتوى على أكثر من مائتين وعشرين خزانة عرض ، ويتم تخزين أكثر من تسعة آلاف مخطوط وعدد كبير من الوثائق والكتب النادرة الهامة. والقاعة يتم متابعة ظروف الحرارة والرطوبة فيها بشكل مستمر وذلك لتفادي مظاهر التلف و التحلل الناتجة عن التغير المفاجئ للرطوبة النسبية و الحرارة.
