يتولى الإشراف على عمليات تطوير واستحداث برامج الدراسات العليا المدفوعة والمشتركة بالتعاون مع الكليات والمعاهد العليا، والمتابعة والتنسيق في تنفيذ تلك البرامج، والإشراف على تطوير الأنظمة الإلكترونية، وبوابة العمادة الإلكترونية.

 الإدارة التابعة للوكالة: 

وحدة البرامج المشتركة:

تعنى الوحدة بالتنظيم الإداري والأكاديمي للبرامج المشتركة بين الأقسام العلمية والكليات، ودراسة المقترحات لاستحداث البرامج المشتركة بالتنسيق مع الكليات، وتشكيل اللجان اللازمة لذلك، ومتابعة إجراءات إقرار تلك البرامج، والتنسيق لفتح تلك البرامج وتنظيم إجراءات القبول فيها.


إدارة البرامج المدفوعة:​

تعنى الإدارة بتنظيم برامج الدراسات العليا المدفوعة وفق الأنظمة واللوائح، ومتابعة الإجراءات والمالية لتلك البرامج، والتنسيق مع وحدات العمادة المختلفة لتنظيم عمليات القبول والتسجيل والتخريج لتلك البرامج.


إدارة الخدمات الإلكترونية:

تعنى الإدارة بمتابعة جميع الخدمات الإلكترونية المقدمة لطلاب وطالبات الدراسات العليا، وتطويرها بالتنسيق مع عمادة تقنية المعلومات، ودارسة الطلبات الواردة من وحدات العمادة بشأن منح الصلاحيات على أنظمة العمادة، وتطوير موقع العمادة وتحديثه بالتنسيق مع جميع وكالات العمادة.