أقام المعهد العلمي في جازان العديد من البرامج والأنشطة المتنوعة وذلك ضمن برامج التوجيه الإرشادية والأنشطة الطلابية التي أعدت من قبل وكالة جامعة الإمام محمد بن سعود الإسلامية لشؤون المعاهد العلمية، وبإشراف مباشر من فضيلة مدير المعهد الشيخ حسن بن يحيى محرق حيث تم إعداد برنامج تهيئة للطلاب المستجدين وتعريفهم بمرافق المعهد، ومتطلبات الدراسة في المعهد ومناهجه من حيث الاختبارات التحريرية والواجبات، وإرشادات تربوية من قبل المرشد الطلابي ، كما أقيمت حلقة نقاش بحضور أولياء أمور الطلبة المستجدين وبحضور إدارة المعهد وبعض المدرسين للتحاور حول دور الأسرة والتواصل مع المعهد في سبيل الارتقاء بالطالب، كما تم تفعيل برنامج مكافحة الإرهاب ودور المملكة العربية السعودية الرائد في ذلك، وقد فعل ذلك من خلال إقامة ندوة عن الإرهاب شارك فيها فضيلة مدير المعهد والمرشد الطلابي عبده العقيلي والدكتور مهدي حكمي، بالإضافة إلى تكريم الطلاب المتفوقين في العام الدراسي الماضي من خلال حفل أقيم في مسرح المعهد، ليكون هذا التكريم حافزاً للطلاب مع بداية العام الدراسي الجديد، وفي نهاية الحفل كرمت إدارة المعهد المدرسين والعاملين في المعهد بهدايا نظير جهودهم في جميع الأعمال المنوطة إليهم.
