معهد الإعجاز العلمي في القرآن والسنة النبوية أحد المعاهد العلمية في جامعة الإمام محمد بن سعود الإسلامية ، ويأتي إنشاء هذا المعهد بناء على الموافقة السامية ذي الرقم 7807/ م بتاريخ 12/11/1431هـ بهدف توفير الإمكانات الداعمة لتعزيز البحث العلمي في مجال الإعجاز العلمي في القرآن الكريم والسنة النبوية ، مع السعي إلى التكامل في مجال البحث العلمي بين مختلف معاهده داخل المملكة وخارجها ، واستقطاب المتخصصين والكفاءات العلمية المتميزة ، وإبراز مكانة المملكة العلمية وإثرائها ، وتوفير البيئة الملائمة للبحث التي تساهم في دعم التنمية المستدامة في البلاد .
وإلى جانب ما أكده الواقع فإن إنشاء المعهد يأتي إسهاماً من الجامعة في العناية بقضايا الإعجاز العلمي وفق منهج علماء المسلمين في تفسير كتاب الله عزوجل ، وفهم السنة النبوية وتجاوباً مع التوصيات الصادرة عن مؤتمرات الإعجاز العلمي ، كالمؤتمر العالمي الأول للإعجاز العلمي في القرآن في باكستان 1408هـ حيث جاء في توصياته : " يوصي المؤتمر الجامعات والمؤسسات العلمية والهيئات والمنظمات العاملة في حقل الدعوة الإسلامية في العالم الإسلامي بإنشاء معاهد متخصصة لبحوث الإعجاز العلمي في القرآن"