حددت جامعة الإمام محمد بن سعود الإسلامية أهداف معهد العلوم الإسلامية والعربية في إندونيسيا في إطار اللائحة التي أعدتها عمادة المعاهد في الخارج وهي :

1- نشر اللغة العربية وتعليمها.

2- إعداد جيل مؤهل من معلمي اللغة العربية الناطقين بغيرها وتأهيلهم بقدر من الثقافة الإسلامية.

3- تطوير مناهج اللغة العربية في الجامعات الإندونيسية.

4- تزويد الجامعات والمدارس بالمقررات والكتب ووسائل الإيضاح.

5- إعداد بحوث لغوية تطبيقية في مجال تعليم اللغة العربية.

6- إقامة دورات تدريبية لمعلمي اللغة العربية.

​