انطلاقا من رسالتها قامت جامعة الإمام محمد بن سعود الإسلامية بمراجعة شاملة لوحداتها، ولاسيما الكليات والأقسام العلمية وبرامجها الأكاديمية، مساهمة منها في تحقيق أهداف التنمية في بلادنا. وفي سبيل الانفتاح على العلوم الطبيعية والأساسية وتلبية حاجة الأقسام العلمية التطبيقيّة وإيجاد البنية، صدرت الموافقة في عام ١٤٢٦هـ بإنشاء قسمي الرياضيات والفيزياء كقسمين تابعين لكلية علوم الحاسب والمعلومات. وقد بدأ قبول الطلاب بالقسمين مع بداية الفصل الدراسي الثاني للعام الجامعي ١٤٢٦ /١٤٢٧هـ، حيث بلغ عدد الطلاب المسجلين ٤٠ طالبا. ثم صدرت موافقة المقام السامي بتاريخ ١٥ /١٠ /١٤٢٧هـ بإنشاء كلية العلوم بجامعة الإمام محمد بن سعود الإسلامية تضم أربعة أقسام: الرياضيات والفيزياء والكيمياء والأحياء (للطلاب والطالبات). واستكمالا لهذا التوجه، تم مع بداية الفصل الأول للعام الدراسي ١٤٣٢ /١٤٣٣هـ افتتاح قسم الكيمياء. وبدأ في تطبيق برنامج ماجستير العلوم في الرياضيات بداية من الفصل الدراسي الأول للعام الجامعي ١٤٣٥ /١٤٣٦هـ، كما تم في الفصل الدراسي الأول من العام الجامعي ١٤٣٧/ ١٤٣٨هـ تطبيق برنامج ماجستير العلوم في الفيزياء. وخلال نفس العام الجامعي تم افتتاح قسم الأحياء وبرنامج بكالوريوس العلوم في الأحياء بفرعي الطلاب والطالبات.
لقد تدرج نمو عدد الطلبة في الكلية منذ إنشائها، إلى أن أصبح عددهم خلال الفصل الدراسي الثاني من العام الجامعي ١٤٤٣هـ ١٠٩٢ طالبة و٨١١ طالباً موزعين على مرحلتي البكالوريوس والماجستير.
وفي سنة ٢٠١٩م حصلت الكلية على الاعتماد الأكاديمي الدولي الشامل من الهيئة الألمانية للاعتماد الأكاديمي (ASIIN) ٢٠١٨-٢٠٢٥م لأربعة برامج:
- بكالوريوس العلوم في الرياضيات التطبيقية.
- بكالوريوس العلوم في الفيزياء.
- بكالوريوس العلوم في الكيمياء.
- ماجستير العلوم في الرياضيات.
كما حصل برنامج بكالوريوس العلوم في الأحياء على الاعتماد الأكاديمي البرامجي -المشروط- من هيئة تقويم التعليم والتدريب ممثلة في المركز الوطني للتقويم والاعتماد الأكاديمي وذلك للفترة من ١ يناير ٢٠٢٣م إلى ٣١ ديسمبر ٢٠٢٤م.
وتضم الكلية الأقسام والبرامج الأكاديمية التالية:
- قسم الرياضيات والإحصاء:
- بكالوريوس العلوم في الرياضيات التطبيقية.
- بكالوريوس العلوم في الإحصاء التطبيقي.
- ماجستير العلوم في الرياضيات.
- دكتوراه الفلسفة في الرياضيات.
- قسم الفيزياء:
- بكالوريوس العلوم في الفيزياء.
- ماجستير العلوم في الفيزياء.
- قسم الكيمياء:
- بكالوريوس العلوم في الكيمياء.
- ماجستير العلوم في الكيمياء.
- قسم الأحياء:
- بكالوريوس العلوم في الأحياء.
- ماجستير تنفيذي في الأدلة الجنائية.
هذا، وتتميز الكلية في البحث العلمي والنشر العالمي، إذ تتبوأ الكلية المركز الأول على مستوى الجامعة في جائزة النشر العالمي للسنة العاشرة على التوالي منذ انطلاق دورات الجائزة.