​وهي الوحدة التي تتولى الإشراف على مراكز (وحدات) البحوث في الكليات والمعاهد العليا، من حيث تشكيلها وممارسة مهامها، كما تتولى التنسيق مع المراكز في كل ما من شأنه تمكين هذه المراكز من القيام بمهامها المحددة في اللائحة الموحدة للبحث العلمي. ويتبع للعمادة حالياً 14 وحدة بحثية في الكليات والمعاهد العليا الآتية:

1) المعهد العالي للقضاء

2) المعهد العالي للدعوة والاحتساب

3) كلية الشريعة

4) كلية اللغة العربية

5) كلية أصول الدين

6) كلية العلوم الاجتماعية

7) كلية اللغات والترجمة

8) كلية علوم الحاسب والمعلومات

9) كلية الاقتصاد والعلوم الإدارية

10) معهد تعليم اللغة العربية

11) كلية الشريعة في الأحساء

12) كلية العلوم

13) كلية الطب

14) كلية الهندسة

​​​