يسعى الكرسي لتفعيل أهدافه من خلال بناء علاقة شراكة مع عدد من المراكز المتخصصة أو المهتمة بالحوار في العالم، مثل:
1- رابطة العالم الإسلامي، مكة المكرمة.
2- مركز الملك عبد العزيز للحوار الوطني، الرياض.
3- مركز الملك فيصل للدراسات والبحوث، الرياض.
4- المنظمة الإسلامية للتربية والعلوم والثقافة-الايسيسكو. المغرب.
5- مركز الدراسات الاستشراقية، الإمارات العربية المتحدة.
6- مركز الحوار للدراسات الاستراتيجية والبحوث، الإمارات.
7- مركز الدراسات الاستراتيجية، جامعة دمشق.
8- مركز حوار الحضارات، جامعة النيلين، السودان.
9- مركز الحوار العربي للدراسات الاستراتيجية والحضارية والثقافية، المغرب.
10- المعهد العالمي لوحدة الأمة الإسلامية، الجامعة الإسلامية العالمية – ماليزيا.
11- منتدى حوار الحضارات العالمي، روسيا.
12- مركز الشرق العربي للدراسات الاستراتيجية والحضارية والثقافية، لندن.
13- مركز التفاهم الإسلامي المسيحي، واشنطن.
14- كرسي اليونسكو للحوار بين أتباع الثقافات والأديان لجنوب شرق أوروبا، جامعة كارل فرانزيس، جراز، بالنمسا.
15- كرسي اليونسكو في الحوار بين الثقافات، جامعة ايفان جافاخشفيلي الحكومية، تيبليسي، جورجيا.
16- كرسي اليونسكو في التنوع الثقافي وحوار الثقافات كلية التربية، بنيقوسيا، قبرص.
17-كرسي اليونسكو في العلاقات بين الثقافات والأديان، كلية العلوم السياسية والاجتماعية، جامعة موناش، كلايتون، استراليا.
18- مؤسسة حوار الأديان الثلاثة – بريطانيا.
19- مؤسسة توني بلير لحوار الأديان – بريطانيا.
20- مؤسسة التعايش – بريطانيا.
21- البيت العربي – مدريد.
22- مؤسسة ثقافة السلام – مدريد.
23- معهد العالم العربي – باريس.
24- مؤسسة آنا ليند للحوار – باريس.
25- مركز الشرق العربي للدراسات الحضارية والاستراتيجية – لندن.
26- مركز الحوار العربي للدراسات الاستراتيجية والحضارية-المغرب.