في ظل النهضة العلمية التي تشهدها المملكة العربية السعودية في عهد خادم الحرمين الشريفين وولي عهده الأمين حفظهما الله، وانطلاقا من حرص المسؤولين في الجامعة وعلى رأسهم معالي مدير الجامعة في تيسير سبل مواصلة الدراسات العليا والبحث العلمي، قامت كلية أصول الدين بإنشاء وكالة تعنى بهذا التوجه باسم: وكالة الكلية للدراسات العليا والبحث العلمي.
فتعد وكالة الدراسات العليا بكلية أصول الدين محوراً رئيسيا من محاور العملية التعليمية التي تقدمها جامعة الإمام، ومصدراً من مصادر البحث العلمي الهام.
وتقدم وكالة الدراسات العليا للطلاب والطالبات خدمات الدراسات العليا من خلال أقسام الكلية الثلاثة: قسم القرآن وعلومه، وقسم السنة وعلومها، وقسم العقيدة والمذاهب المعاصرة.
وكذلك تقدم الوكالة للأساتذة والأستاذات المتخصصين خدمات البحث العلمي من خلال وحدات البحوث.
